MS IGLOO 2'nin hikâyesi MS IGLOO 1'e dayanıyor. Federasyon askerlerinin gözünden devasa Zaku'lar ile olan savaşlarını anlatıyor. Her bölüm Zaku'lar ile beraber yeryüzüne inen bir Ölüm Tanrısı tarafından lanetlenen farklı bir federasyon askerinin hikâyesini ele alarak yalnızca tank ve füze gibi geleneksel silahlarla mobile suitlere karşı verdikleri çaresiz direnişi gözler önüne seriyor. İntikam duygusuyla içten içe dolup taşan ve enselerinde Ölüm Tanrıları olan askerler bir Zaku'nun korkunç kudretinden kaynaklanan çaresizliğe karşı var güçleriyle savaşırlar.