Houtarou Oreki sosyal aktiviteleri sevmeyen, uyuşuk bir lise öğrencisidir. Okulun klasik edebiyat kulübü, üyesi olmadığı için kapanma noktasına geldiğinden ablasının ricasıyla Houtarou bu kulübe katılır. Kulüpte Chitanda Eru adında bir kızla tanışan Houtarou, kulübün zaten bir üyesi olduğunu görünce bırakmak istese de Chitanda'dan etkilenmiştir. Kulübe daha sonra Houtarou'nun arkadaşı Fukube Satoshi ve Ibara Mayaka adlı kız da katılacaktır. Gizemli olaylar ortak ilgi alanları olan bu dörtlü, kulüpte 33 sene önce olan bir olayı araştırmaya başlayacak, olayla ilgili ipuçlarını ise 33 sene önceki üyelerin yaptığı "Hyouka'' adlı çalışmada bulacaklardır.