Gintoki Sakata, Shinpachi Shimura ve Kagura Yorozuya ofislerini işletirken parasız kalırlar ve kiralarını ödeyebilmek için yarı zamanlı bir işte çalışmaya karar verirler. Ne vakit yarı zamanlı bir işte çalışmaya başlasalar Şogun ile karşı karşıya gelirler. Bu sıralarda Isao Kondo tarafından yönetilen özel polis kuvveti Shinsengumi kendi içinde ikiye bölünmüştür. Shinsengumi'de yaşanan bu iç çatışmanın Şogun-sama'yı içeren komployla bağlantısı vardır.