Küçük bir kasaba okulunda Sakura Mikan ve Imai Hotaru, aynı sınıfta okuyan kendilerince iki yakın dosttur. Enerjik Mikan'ın, duygularını göstermeyen Hotaru ile arkadaş olması iyi bir eşleşme gibi görünmese de ikili her zaman birliktedir, Ta ki Hotaru, Alice Akademisi adlı garip bir okulda okumak için çağrılana dek. Geride bırakılacak olmanın acısıyla Mikan, en yakın dostunu bu Alice Akademisi'ne giderek takip etmeye karar verir ancak bu girişimi akademi hakkındaki ilginç bir gerçeği ortaya çıkartacaktır.