Miyu, annesi ve babası bilim adamı olan bir 8. sınıf öğrencisidir. Ebeveynleri, NASA tarafından işe alınmıştır. Annesi ve babası Amerika'ya gitmek zorundadırlar; ama Miyu, Japonya'da kalacaktır. Miyu'nun anne ve babası, Miyu'yu eski bir arkadaşları olan Saiyonji'ye emanet etmeye karar verirler. Miyu, daha önce görmediği bu insanlarla aynı evde yaşamak zorunda kalmıştır. Saiyonji, oğlu Kanata ile beraber yüksekçe bir yerde kurulu olan bir tapınakta yaşamaktadırlar- zira Saionji bir rahiptir. Miyu'nun tapınağa gelmesinin üzerinden fazla bir zaman geçmemiştir ki; Saionji, bir telefon alır ve aniden Hindistan'a gitmek için hazırlık yapmaya başlar. Oğlu ile Miyu'yu aynı evde yalnız bırakarak, apar topar evi terk eder. Bu ikili ilk defa tanışıyorlardır ve artık aynı evde yalnız yaşamak zorundadırlar. Pek de hoş olamayan bir konuşmanın ardından garip bir ışık belirir. Işık kaybolduğunda ortaya çıkan şey bir kapsülün içinde uyuyan bir bebektir.